Lautete die Devise in den frühen Jahren noch «litteris et amicitiae et patriae», so strich man Ende des vorletzten Jahrhunderts die vaterländische Komponente und verkürzte die Devise zur heutigen Form «litteris et amicitiae».
Als Zeichen der vaterländischen Gesinnung waren die Farben oder Couleur der Scaphusia anfänglich Rot und Weiss. Unter den Farben versteht man sowohl die charakteristische Kombination von zumeist drei Farben wie auch die in den Verbindungsfarben gehaltenen Abzeichen Mütze, Band und Bierzipfel. 1861 wurden dann nach dem Vorbild der Gymnasia Turicensis und anderer Gymnasialvereine die blau-weiss-blauen Farben eingeführt, die die Scaphusianer noch heute tragen.
Die Biernamen, auch Vulgo oder Cerevis genannt, sind in der Scaphusia nach Zürcher Vorbild seit 1861 üblich. Sie sind Symbol dafür, dass der Fuxe gleichsam ein neuer Mensch wird und für ihn ein neuer Lebensabschnitt beginnt. In Deutschland, in den Jahren vor 1848, als die Studentenverbindungen behördlich verboten waren, dienten die Biernamen auch der Tarnung.
In der Scaphusia wurden die Kneipen anfänglich formlos durchgeführt, und es gab weder Comment noch Burschen- und Fuxentum.
Den Fuxmajor und den ihm unterstellten Fuxenstall führte man 1865 ein. Fortan existierte in der Aktivitas die Unterscheidung zwischen den vollberechtigten Burschen und den untergebenen «Neulingen», den Fuxen.
1866 wurde der wöchentliche Stamm oder Abendschoppen eingeführt, der jeden Dienstag in der «Burg» beim Schwabentor abgehalten wurde. Seitdem wechselte man das Lokal einige Male, und heute treffen sich die Scaphusianer jeden Mittwoch im Restaurant Falken.
Das Regularium der studentischen Sitten und Gebräuche, der Comment, wurde 1872 eingeführt, wobei man den der Paedagogia übernahm.
1890 in Basel und kurze Zeit später auch in Zürich bildeten ehemalige aktive Mitglieder der Scaphusia Alt-Scaphusianer-Kränzchen mit dem Zweck, die Erinnerungen an die schöne Scaphusianerzeit wach zu halten. 1894 schlossen sich diese Gruppierungen zusammen und gründeten 1894 in Schaffhausen die Alt-Scaphusia. Diese bezweckt «die Pflege der Geselligkeit und Freundschaft unter früheren Scaphusianern und die Förderung der Aktivitas».
Die Falkenbude im ersten Stock des Restaurant Falken mitten in der Schaffhauser Altstadt bezogen die Scaphusianer 1912. Nach einem grossen Umbau im Jahre 1930 und zahlreichen kleinen Anpassungen an die stetig fortschreitende Zeit ist die «Bude» auch heute noch das Verbindungslokal e/hwl Scaphusia. Im Jahre 2002 wurde die Bude einer nachhaltigen, 65 000 Franken teuren Renovation unterzogen, welche durch Spenden von Mitgliedern der Alt-Scaphusia finanziert wurde.
Im Jahre 1919 tat sich die Scaphusia mit den wenige Jahre jüngeren Verbindungen Thurgovia Frauenfeld, Vitodurania Winterthur und Rhetorika St. Gallen zusammen, und es entstand das Ostschweizer Kartell. Mehrmals jährlich treffen sich die Mitglieder der Kartellverbindungen und knüpfen so Kontakte zu anderen Mittelschulen.